Aménagements des cours d'eau
Dans leur grande majorité, les cours d’eau français ne sont pas « naturels ».
La plupart des cours d’eau ont fait l’objet de profondes modifications.
Des digues de « protection » ont été construites pour protéger les villes des inondations, ou encore gagner des terres agricoles fertiles, comme dans la plaine d’Alsace. Ailleurs, on a creusé des canaux, créé ou déplacé des plans d’eau, construit des barrages pour réguler les débits ou produire de l’électricité…
Toutes ces interventions perturbent profondément le fonctionnement hydraulique et écologique des cours d’eau, comme constaté lors de l’état des lieux réalisé dans les bassins en 2004. Dans le lit majeur, les annexes hydrauliques dont la qualité est dépendante de la dynamique fluviale (débordement, connexions avec le lit mineur) sont des habitats indispensables à certaines espèces. Les prairies inondées par les crues sont aussi propices à la reproduction de certains poissons comme le brochet, mais aussi d’amphibiens comme la grenouille rousse. Ce sont également des zones exploitées par les oiseaux, notamment les migrateurs, qui trouvent dans ces zones leurs nourritures.
Les conséquences de ces aménagements sont multiples :
Modification des débits
Les barrages réservoirs peuvent profondément modifier les débits des cours d’eau. Ils limitent souvent les débits de crues, ce qui peut priver des vallées des effets écologiques des inondations (apports d’eau, de limons et de graines ; « rajeunissement » des écosystèmes...).
Certains aménagements comprennent une dérivation qui enlève à la rivière une grande partie de son eau (exemple de la Durance qui alimente de grands canaux d’irrigation).
Assèchement des zones humides riveraines
De nombreux aménagements de cours d’eau se traduisent par un assèchement des zones humides riveraines. Ainsi, les endiguements et recalibrages entrainent souvent l’incision du cours d’eau (enfoncement) qui provoque un abaissement du niveau de la nappe phréatique qui alimente les milieux humides.
Entrave à la dynamique fluviale
Certaines rivières possèdent une dynamique écologique importante : érosion des berges, dépôts de sédiments progressivement colonisés par la végétation. Ce mécanisme est à l’origine d’une diversité exceptionnelle de la faune et de la flore dans le lit mineur, mais aussi dans le lit majeur. La stabilisation des cours d’eau (endiguements...) fait disparaître cette dynamique et provoque la simplification du cours d’eau, réduit à un chenal aux berges abruptes.
Les barrages peuvent piéger les sédiments transportés par la rivière, ce qui a différents impacts, dont l’enfoncement du cours d’eau.
Rupture des continuités écologiques
Les seuils et barrages en rivières peuvent interdire les déplacements des animaux ; cet impact est symbolisé par la disparition du saumon et de nombreux autres poissons migrateurs des rivières françaises.
Destruction des milieux
Les travaux en travers ou sur les cours d’eau (création de plan d'eau, recalibrage, ...) peuvent provoquer la destruction de milieux aquatiques et humides associés (frayères, annexes fluviales...). Ces aménagements ont pu avoir pour objectif de réduire les risques naturels (inondations, érosions) et de favoriser le développement des activités humaines dans les vallées, induisant ainsi d’autres impacts écologiques : infrastructures de transports, urbanisation, intensification de l’agriculture...