L’action s’est concentrée sur les grandes vallées alluviales de la Loire et de ses principaux affluents que sont le Cher et l’Indre. À l’intérieur de ces vastes entités, quarante-cinq sites naturels remarquables recouvrant près de 2 000 hectares ont été définis comme des territoires à enjeux sur lesquels se sont déroulées les interventions opérationnelles.

Les actions mises en œuvre s’articulent autour de la connaissance, la protection, la gestion et la valorisation. Des plans de gestion ou études préalables ont ainsi été réalisés, permettant d’évaluer les richesses biologiques et la fonctionnalité des zones humides, et de définir des objectifs de restauration et d’entretien. Des indicateurs et suivis scientifiques ont été mis en place, portant essentiellement sur la ressource en eau et la qualité du milieu ainsi que sur l’analyse de la fonctionnalité biologique des milieux ouverts et des forêts alluviales. Des espèces indicatrices de la reconquête des milieux ont été particulièrement suivies.

En partenariat avec le Laboratoire de géographie physique (CNRS, UMR 8591, Paris 1), des recherches portant sur la dynamique fluviale, l’étude des paléo-chenaux, l’histoire de l’occupation du fleuve ou le fonctionnement sédimentaire ont permis de mieux comprendre le fonctionnement du fleuve et d’adapter certaines mesures d’entretien des milieux ouverts.

Des opérations d’animation foncière sur le réseau d’espaces naturels auront permis de renforcer le réseau d’espaces protégés par le CEN Centre. L’opération aura essentiellement consisté en des démarches de contractualisation et de signatures de chartes et de sensibilisation des élus à Natura 2000.

Des opérations de restauration et d’entretien des milieux préservés ont également été assurées.
Enfin, pour contribuer à mieux faire connaître et reconnaître les vallées alluviales et leurs milieux naturels, différentes animations ont été organisées et des sites ont été aménagés pour l’accueil du public.

Les CEN Allier et Auvergne interviennent sur la zone de Pré Redan dans le cadre du programme Loire nature depuis 2002. C’est un secteur caractéristique et relativement bien préservé du Val d’Allier. C’est dans le cadre de la phase 2 (2002-2006) du plan Loire qu’a été réalisée l’acquisition foncière d’une parcelle privée en enclave du DPF, située au sud-sud-est de Pré Redan, dans un méandre de la rivière Allier et sur un secteur d’érosion très actif. Il s’agissait de garantir la préservation de la dynamique fluviale et compenser le préjudice subi par le propriétaire.

Suite à l’acquisition, l’objectif était de maintenir les prairies naturelles, en pérennisant les pratiques de pâturage extensif.

La parcelle étant utilisée pour partie par deux agriculteurs locaux, une concertation a été engagée pour définir l’attribution de la gestion agricole de la parcelle. Le choix pour la gestion agricole des terrains s’est fait en accord avec les deux exploitants intervenant sur le site. « L’enclave des Vachers », comme son nom l’indique s’insère dans une soixantaine d’hectares du DPF qui font l’objet d’une location de franc-bord. Pour une cohérence de gestion, c’est l’agriculteur détenteur de la location du franc-bord qui a été retenu. Le bail rural à clauses environnementales qui a été établi inclut un cahier des charges fixant les modalités des pratiques pastorales :
-    chargement maximal de 0,8 UGB/ha/an ;
-    apports de fertilisants et produits phytosanitaires interdits ;
-    interdiction de tout travail au sol sauf intervention définie en accord avec le bailleur ou le gestionnaire ;
-    délai minimum de quinze jours avant remise à l’herbe après tout traitement parasitaire ;
-    maintien des haies, talus, arbres isolés, mares ;
-    interdiction de drainer et de pratiquer toute forme d’assèchement.

Ce contrat permet ainsi de pérenniser une gestion agricole durable adaptée aux aléas d’érosion et favorable à la biodiversité et à la ressource en eau.

La rivière Allier présente sur 260 km une dynamique fluviale active avec des érosions de berge à l’origine de la formation et de la migration de méandres.

Cette divagation latérale de la rivière constitue le moteur de la biodiversité du val d’Allier et garantit la pérennité de la ressource en eau de la nappe alluviale. Pourtant le potentiel de mobilité de l’Allier est réduit par de nombreuses protections de berge. En bloquant la divagation de l’Allier, ces protections de natures diverses altèrent le fonctionnement général de l’hydrosystème alluvial et contribuent à l’incision de la rivière.

Une étude pour restaurer la dynamique fluviale en préservant l’érosion visait plusieurs objectifs :
- actualiser l’état des lieux des protections de berge et zones d’érosion sur l’Allier alluvial ;
- diagnostiquer les enjeux socio-économiques des terrains protégés ou en cours d’érosion ;
- proposer des outils de préservation et d’accompagnement de l’érosion ;
- proposer des outils pour mener des actions de restauration de la dynamique ;
- évaluer les enjeux de la compensation vis-à-vis de la dynamique fluviale et proposer des éléments de cadrage technique pour sa mise en œuvre.

Elle devait ainsi contribuer à l’élaboration du Sage Allier aval concernant l’enjeu dynamique fluviale, mais aussi inciter et faciliter la mise en place d’actions de préservation ou de restauration de la dynamique par des collectivités ou gestionnaires d’espaces naturels, ou encore par des maîtres d’ouvrage au titre de mesures compensatoires.

L’inventaire des protections et zones d’érosion a été réalisé à l’étiage 2010 par le CEN Auvergne avec l’aide d’un bureau d’étude. Les 260 km de cours d’eau ont ainsi été parcourus en canoë durant 22 jours et les protections de berge ont été localisées par GPS et décrites selon une grille d’indicateurs, permettant de qualifier leur nature et d’évaluer leur efficacité de protection et leur état de conservation. Des prospections complémentaires à pied ont également été menées.

L’inventaire a permis de recenser 790 protections de berge et 25 digues pour un linéaire total de berges protégées de 120 km. Cela représente 23 % du linéaire cumulé des deux rives de l’Allier en analyse brute. En considérant le linéaire de berge effectivement soustrait à la dynamique (méandre entier bloqué par une protection à son extrémité amont, épis bloquant un linéaire important), on peut évaluer le linéaire de rivière où l’érosion latérale est bloquée à 50 % du linéaire total de l’Allier alluvial.

La définition des propositions de préservation et restauration a nécessité le croisement des données précédentes avec le cadastre et l’identification foncière des propriétés publiques sur l’Allier alluvial dans les cinq départements concernés. Un programme pluriannuel d’achat des zones érodables a été proposé pour préserver et restaurer ces dynamiques. Si quelques acquisitions ponctuelles sont en cours sur les zones d’érosion grâce au projet des CEN d’animation foncière sur les zones humides, une politique globale d’acquisition des zones érodables reste encore à mettre en place.

Sur les dix-huit zones d’intervention du Contrat nature Val d’Allier, quatre présentent un enjeu particulièrement fort en termes de dynamique fluviale et de préservation de l’espace de mobilité. Sur ces quatre zones, la dynamique fluviale passée a généré des conditions propices à l’exploitation de la ressource en eau (alluvions grossières avec une bonne circulation de la nappe alluviale). On y retrouve donc plusieurs zones de captages d’eau potable.

Les actions ont démarré pour certains de ces sites dès le début des années 1990. Le long travail de concertation mené grâce au plan Loire a permis d’aboutir à de nombreuses actions opérationnelles et consensuelles. L’objectif principal portait sur l’acquisition foncière de terrains érodables pour compenser le préjudice subi par les propriétaires riverains, garantir la préservation de la dynamique et démontrer la viabilité de l’acquisition et de la gestion durable de ces terrains plutôt que leur protection contre l’érosion par des enrochements de berge. Pour poursuivre et conforter ces actions dans la phase 2008-2013 du plan Loire, les Conservatoires et la LPO Auvergne ont élaboré un contrat pluriannuel sur le Val d’Allier en Auvergne.

Ce projet aura permis de nombreuses réalisations sur les quatre sites concernés :
-    D’un point de vue de l’animation et de la concertation : de nouveaux partenariats ont permis 82 hectares de maîtrise d’usage supplémentaires, un partenariat autour d’un projet de captage intégrant la prise en compte de la dynamique fluviale, un projet de classement du site en Réserve naturelle régionale, une convention de gestion de cinq ans pour une parcelle de 68,45 ares avec reconstitution d’une forêt alluviale, signature de 4 baux ruraux à clauses environnementales.
-    Par ailleurs, de nombreux suivis ont été réalisés sur la durée du contrat (avifaune, castor et loutre, amphibiens, insectes, végétaux…).
-    En termes de communication, une plaquette de valorisation du Val d’Allier brivadois a été publiée.

Les méandres des Germains correspondent à une vaste zone alluviale située au cœur de la Loire des méandres. Secteur à dynamique latérale active et peu contraint par les digues, la divagation du lit permet l’érosion des berges et la recharge sédimentaire de la Loire. Cette dynamique génère une mosaïque de milieux naturels, dont certains sont d’intérêt communautaire.

La maîtrise des terrains riverains du fleuve est l’outil le plus pertinent pour le maintien de l’espace de mobilité, car elle permet de sécuriser sur le long terme la divagation du lit. Pour mener à bien ce projet d’acquisition, il convenait de pouvoir associer les acteurs locaux, les riverains et les partenaires techniques et financiers pour leur présenter les enjeux de préservation du patrimoine naturel et l’importance d’une maîtrise foncière forte pour conduire une gestion conservatoire et durable.

La localisation inter-régionale des méandres des Germains nécessitait également d’informer les partenaires institutionnels des régions Auvergne et Bourgogne.

Une première réunion d’information, organisée par le CEN Allier et le CEN Bourgogne, a permis de présenter les enjeux de conservation du patrimoine naturel mais également d’étudier les différents scénarii d’acquisition tant au niveau des porteurs du projet que des sources de financements potentielles. Les dossiers de demande de financements ont alors été construits en faisant intervenir l’Agence de l’eau et des fonds européens (FEDER), ainsi qu’une part d’autofinancement des communes.

Un peu plus de trois années se sont écoulées entre la mise en vente des terrains et l’achèvement des opérations d’acquisition (54 ha acquis en automne 2011 pour Saint-Martin-des-Lais et 61 ha acquis en mars 2012 pour Vitry-sur-Loire). Les deux communes, une fois propriétaires, ont signé avec le CEN Allier des baux emphytéotiques de dix-huit ans (Saint-Martin-des-Lais) et trente ans (Vitry-sur-Loire). Une gestion adaptée sera ainsi mise en place par le Conservatoire sur ces terrains.

La Sèvre nantaise, en aval de Vertou, présente la caractéristique d’une eau saumâtre due aux marées qui y remontent car proche de l’embouchure de la Loire. La présence de plantes rares, comme le scirpe triquètre et surtout l’angélique des estuaires a mené à la définition d’un site Natura 2000.

Le mauvais état de la berge était néfaste au maintien de la mosaïque des milieux. En particulier, les habitats à scirpe triquètre et à angélique des estuaires s’en trouvaient considérablement réduits, en même temps que le chemin piétonnier était déstabilisé. En 2006, il a donc été décidé de protéger les berges de la Sèvre nantaise et de maintenir un chemin pédestre.

Ces travaux de restauration étaient justifiés par :
-    la préservation de la biodiversité de cet espace fragile menacé par des encoches d’érosion et notamment le maintien des populations patrimoniales d’angélique des estuaires ;
-    le maintien d’un accès sécurisé en bord de Sèvre sur le sentier existant, particulièrement fréquenté dans cette zone urbaine ;
-    le renforcement des berges et la valorisation du paysage.

Les travaux forestiers sur la ripisylve ont consisté à éliminer les arbres mal placés ou défavorables au développement des hélophytes, des éclaircies ont été réalisées dans les peupleraies, les berges ont été renforcées ponctuellement. Enfin, la préservation des angéliques a impliqué la transplantation de pieds, la protection des pieds et leur suivi durant 3 ans.

Plus de 400 mètres de berges ont été consolidés et le chemin est aujourd’hui sécurisé.
Le recouvrement en angélique des estuaires est globalement supérieur à ce qu’il était avant travaux (152 pieds en août 2011 contre 130 en janvier 2008).