Depuis 2005, les apports en nutriments ont encore diminué, la salinité de l'étang s'est stabilisée entre 15 et 25 g/L et la transparence de l'eau semble s'être améliorée, pourtant, un suivi de ces herbiers vestiges depuis 2004 démontre qu'ils sont dans un état stable réduits à quelques taches de surface très faible. Leur densité n'augmente pas, mais ils ne régressent pas non plus.
Parmi les nombreuses hypothèses avancées : outre un niveau d’eutrophisation encore trop élevé, la faible vitalité des zostères en place pourrait freiner leur recolonisation.
Dans un cadre global de réhabilitation de l’écosystème de l’étang de Berre et plus particulièrement de restauration, à long terme, des herbiers de Zostera, le GIPREB (Groupement d’intérêt public pour la réhabilitation de l’étang de Berre) a décidé de lancer une réimplantation expérimentale. Les transplantations ont eu lieu en mai 2009. L’expérience se déroulera sur une période de deux ans.

La présence d’herbiers de zostères de bonne vitalité dans la majeure partie des fonds de l’étang font partie des obligations formulées par la Directive cadre sur l’eau. Le Gipreb-syndicat mixte œuvre à la réduction de l’eutrophisation pour permettre le retour des herbiers. En l’état, une recolonisation spontanée ne peut-être envisagée. Cette expérimentation sert donc à mieux connaître la dynamique des herbiers dans l’étang et mesurer les possibilités qu’offrent les transplantation pour la restauration de l’écosystème.

Un suivi scientifique détaillé est prévu, il permettra de conclure ou non au succès de l’opération. Ce suivi couvre deux périodes estivales et deux périodes hivernales sur une durée totale de 24 mois.
Le programme de suivi porte sur le taux de survie, la croissance des transplants, les principaux paramètres de milieu (qualité des sédiments, qualité de l’eau), ainsi que divers paramètres (le nombre de faisceaux des feuilles, la surface du sol, le nombre de fleurs, la germination). Il se poursuivra durant les deux années suivant la transplantation.

Sur les sites où ils se sont maintenus, les transplants montrent des taux de survie relativement homogènes selon les techniques employées.
Les plus fortes mortalités sont observées au cours des 90 premiers jours suivant les transplantations (entre le printemps et l’été 20O9). Par la suite, les taux de survie se stabilisent puis on note une nouvelle phase de mortalité entre le printemps et l’été 2010.
Au bout de 12 mois, les taux de survie moyens sont de 13 % pour les boutures et les pots de Zostera noltii et de 20 % pour les boutures de Z. marina. Ce sont des taux de survie faibles. Cependant ces résultats sont temporaires jusqu’à l’issue de l’expérimentation prévue en juin 2011.
La période chaude apparaît comme déterminante dans le maintien des transplants, probablement en lien avec les stress estivaux (fortes températures à faible profondeur, blooms phytoplanctoniques qui réduisent la pénétration lumineuse, développement massif d’épibiontes sur les feuilles ou échouage de macrophytes).